哈尔滨工程大学工会（全称为中国教育工会哈尔滨工程大学委员会）始建于1980年。现有部门工会27个，专职工会干部8人。
学校首次工会代表大会于1980年10月召开，至2003年4月，已先后开过五次工会代表大会，田素义、顾文生、戴正槐、胡道柏先后当选校工会主席。2001年1月，学校召开了第三届教职工代表大会第一次会议暨第五次工会代表大会，高晚欣同志当选为新一届校工会主席。
学校教代会制度建立于1985年。随着教代会四项职权及工会职能的全面落实，学校工会、教代会工作不断得到创新和发展，不仅组织健全、职责明确，而且建立了一整套工作制度。在校党委和上级工会的领导下，成为能够体现教育工会特色，突出工会四项职能，教职工普遍信赖的重要社会团体。教代会实行常设主席团制，在参政议政、发挥教代会民主管理、民主监督作用方面颇具特色。教代会下设的‘三育人“工作委员会、福利工作委员会、提案工作委员会、民主评议干部工作委员会各尽其责。校工会委员会实行常委制，根据工作需要和《基层工会工作暂行条例》，校工会委员会下设文艺、体育、女工等工作委员会，并较好地发挥了自身作用。
在全省高校工会中，学校工会、教代会工作处于领先地位，尤其是近几年在民主管理、“三育人”工作、“职工之家”建设、女工、文体工作等方面成绩突出。我校工会民主管理、“三育人”工作方面的经验曾在全省及中国教育工会全国代表大会上交流。2007年“三育人”工作获黑龙江省教育系统“三育人”先进集体；2009年师德师风工作获黑龙江省师德建设先进单位，“三育人”工作获得黑龙江省教书育人、管理育人、服务育人先进集体，女工工作获黑龙江省先进女工组织；2010年民主管理工作获黑龙江省民主管理工作先进单位；2011年我校工会获教科文卫体工会系统最高奖项----全国教科文卫体系统先进工会，民主管理工作获黑龙江省厂务公开民主管理优秀调研成果一等奖，同年还获得了黑龙江省教育系统“三育人”先进集体和黑龙江省国防系统先进工会。
随着学校改革的逐步深入，校工会本着高效、精干的原则下设办公室、女工部、文体部。在工会领导班子的带领下，工会和教代会工作正朝着新的目标前进，为做好学校工会、教代会的各项工作，架设好校党委与教职工沟通联系的桥梁，把学校各级工会建设成为教职工信赖的“职工之家”继续努力奋斗！